La legge dice che se ricevo un pagamento la fattura deve avere una data antecedente o al massimo uguale al pagamento. (per maggiori info vedi qui). 

In realtà il Ministero delle Finanze ha più volte precisato [Vedi Nota1] che non conta esattamente la data del pagamento bensì "l’obbligo di emissione della fattura, decorre dal momento di avvenuta conoscenza dell’incasso da parte del creditore".

Quindi se il bonifico è del 5 aprile, ma te ne sei accorto il 20 aprile la fattura può avere una data massima del 20 aprile. Per ovvie ragioni questo non è possibile in caso di pagamento in contanti. 

In generale questa tolleranza da parte del fisco può essere utilizzata anche nel caso in cui ci dimentichiamo di fare una fattura. Possiamo usare come scusa il fatto di non aver visto il pagamento e quindi emettere la fattura con una data qualche giorno in ritardo. Ovviamente questa opzione va usata con criterio. Nell'epoca del telematico sarebbe difficile sostenere che ho avuto conoscenza di un bonifico dopo sei mesi, ma uno spostamento di qualche giorno è sempre ragionevole 

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[Nota1] Si veda R.M. n.551041/89, e R.M. n.363519/78.